Монастырь был основан в начале XVII века старцем Ионой Головцыным и первоначально именовался «Новая пустынь Березовского Борку Успенья Пресвятой Богородицы».
Здесь в 1663 году принял иночество святитель Митрофаний, впоследствии епископ Воронежский. В 2008 году в его память здесь был построен деревянный храм.
После революции 1917 года на монастырскую братию начались гонения. В 1922 году изъяли все церковные ценности, спустя два года братия была изгнана, а обитель окончательно закрыта.
В 1947 году архитектурный ансамбль Золотниковской пустыни поставлен на государственный учёт. А в 1960 году Успенская церковь была поставлена на государственную охрану в качестве памятника республиканского значения.
Своеобразной вехой стал декабрь 1996 года — ансамбль Золотниковской пустыни был передан в ведение Ивановской епархии. Непосредственное возрождение обители началось с 2007 года.